Sau khi từ chức Thượng thư Bộ Lại, Ngô Đình Diệm trở về làm một thường dân sống ở Huế cùng gia đình ông, nhưng vẫn bị giám sát. Ông dành thời gian cho việc đọc sách, thiền định, đi lễ nhà thờ, làm vườn, đi săn, và chụp ảnh nghiệp dư. Ngoài ra, ông đẩy mạnh các hoạt động dân tộc chủ nghĩa qua việc gặp gỡ và giao lưu với các nhà lãnh đạo cách mạng Việt Nam, như Phan Bội Châu, một người bạn của ông. Phan Bội Châu là nhà hoạt động chống thực dân mà Ngô Đình Diệm kính trọng vì kiến thức Nho giáo uyên thâm của ông, và vì Phan Bội Châu lập luận rằng những lời dạy của Nho giáo có thể được áp dụng cho Việt Nam hiện đại.
Ngô Đình Diệm ngấm ngầm ủng hộ Hoàng thân Cường Để đang sống lưu vong tại Nhật nhằm thực hiện một cuộc cách mạng lật đổ chính quyền bảo hộ Pháp. Ông bị xem là quá khích giống như Nguyễn Hải Thần, Nguyễn Tường Tam.[5] Năm 1933, ông vào Sài Gòn cùng với Nguyễn Phan Long, Lê Văn Kim,... tổ chức phong trào của trí thức Nam và Trung Kỳ vận động chính giới Pháp tại Paris bãi nhiệm Toàn quyền Đông Dương Pierre Pasquier. Việc không thành, ông bị Pasquier trục xuất khỏi Huế và chỉ định cư trú tại Quảng Bình. Tuy nhiên, sau cái chết của Pasquier năm 1934, viên toàn quyền mới Eugene René Robin đã bãi bỏ chỉ định của Pasquier. Ông vào Huế dạy tại trường Thiên Hựu do anh ông là Ngô Đình Thục làm Giám học.
Thời kỳ 1942-1944, Ngô Đình Diệm tham gia thành lập và lãnh đạo tổ chức Đại Việt Phục hưng Hội, dựa Nhật chống Pháp với thành phần nòng cốt là quan lại, linh mục, cảnh sát, và lính khố xanh bản xứ tại Trung Kỳ. Tháng 7 năm 1944, mật thám Pháp phá vỡ tổ chức này và vây bắt Ngô Đình Diệm ở tại phủ Cam.
Nhờ sự giúp đỡ của hiến binh Nhật, ông thoát nạn và về trú tại lãnh sự Nhật ở Huế. Sau vài ngày, người Nhật đưa Ngô Đình Diệm vào Đà Nẵng rồi dùng máy bay quân sự chở thẳng vào Sài Gòn trú tại trụ sở hiến binh của Nhật. Ông cũng được Việt Nam Phục quốc Đồng minh Hội do hoàng thân Cường Để lãnh đạo ủy nhiệm công việc vận động nhân sự ở Trung Kỳ để chống Pháp.
Tại Sài Gòn, ông đã tham gia thành lập Ủy ban Kiến quốc với mục tiêu phò tá hoàng thân Cường Để. Tuy nhiên Nhật không ủng hộ Cường Để về nước làm vua mà ủng hộ Bảo Đại lập chính quyền thân Nhật với quốc hiệu mới là Đế quốc Việt Nam. Bảo Đại đã từng mời ông làm thủ tướng trong chính quyền mới nhưng không thành mà thay vào đó là Trần Trọng Kim.
Sau khi Bảo Đại thoái vị ngày 25 tháng 8 năm 1945, Mặt trận Việt Minh giành chính quyền, Ngô Đình Diệm cùng với một số người thân trong gia đình bị Việt Minh bắt ở Tuy Hoà, Phú Yên ngoại trừ Ngô Đình Nhu và Ngô Đình Cẩn. Anh cả Ngô Đình Diệm là Ngô Đình Khôi cùng con trai mình là Ngô Đình Huân trên đường bị du kích giải ra Hà Nội thì bị lực lượng áp tải này xử bắn[27] Nguyên do là trong Cách mạng tháng 8 năm 1945, Ngô Đình Khôi khuyên hoàng đế Bảo Đại đừng thoái vị vì ông đã tích trữ được một số vũ khí, lại có thêm Ngô Đình Huân giữ vai trò liên lạc giữa triều đình Huế và Đế quốc Nhật Bản, nên có người tố cáo cha con ông Khôi có âm mưu cấu kết với Nhật chống lại Việt Minh.
Ngô Đình Diệm bị giải ra Hà Nội. Sau đó Ngô Đình Nhu cũng bị Việt Minh bắt giam rồi được thả. Ngô Đình Diệm bị giam tại tỉnh miền núi Tuyên Quang ít lâu rồi được trả tự do theo lệnh ân xá vào đầu năm 1946.

Nhận xét
Đăng nhận xét